Thực hiện chiến lược “Diễn biến hòa bình” chống phá cách mạng nước ta, những năm gần đây, các thế lực thù địch hướng trọng tâm vào chống phá nền tảng tư tưởng của Đảng, chống chế độ ta. Một trong những trọng tâm của chiến lược “Diễn biến hòa bình”, chống phá nền tảng tư tưởng của Đảng là thực hiện mưu đồ “phi chính trị hóa” Quân đội. Về thực chất của mưu đồ này là lôi kéo Quân đội ta xa rời hệ tư tưởng xã hội chủ nghĩa và lý tưởng chiến đấu vì độc lập dân tộc gắn liền với chủ nghĩa xã hội, tách Quân đội ra khỏi sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản. Thực hiện sự chỉ đạo của Ban Chỉ đạo 35 của Quân ủy Trung ương về bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng, đấu tranh phản bác các quan điểm sai trái, thù địch nhằm chỉ đạo thống nhất trong Đảng bộ Quân đội và toàn quân, những năm qua, Đảng ủy quân sự Phù Yên đã tập trung lãnh đạo, chỉ đạo việc học tập, quán triệt, nâng cao nhận thức, trách nhiệm trong thực hiện. Đưa nội dung bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng thực hiện vào chương trình, kế hoạch thực hiện nhiệm vụ chính trị, công tác thi đua, kiển tra, giám sát hàng năm của các cấp ủy, chi bộ. Tổ chức sinh hoạt chính trị với chủ đề tự soi tự sửa.. Đồng thời, kiên quyết đấu tranh, ngăn chặn, đẩy lùi chủ nghĩa cá nhân, những biểu hiện suy thoái trong nhận thức của cán bộ chiến sỹ. Chỉ đạo Ban chỉ đạo 35 trong cơ quan, đơn vị Ban CHQS xã, thị trấn trong đấu tranh bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng; chống suy thoái về tư tưởng, chính trị, đạo đức, lối sống, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa", chủ nghĩa cá nhân. Bảo vệ phát huy phẩm chất “Bộ đội Cụ Hồ" thời kỳ mới. Duy trì hiệu quả hoạt động Fanpage “Phù Hoa hôm nay” của Đảng ủy Quân sự huyện và tích cực tương tác với trang Fanpage “Phan xi Păng” của Ban Chỉ đạo 35 của Đảng ủy Quân khu, “Sơn La Ngày mới" Ban Chỉ đạo 35 của Đảng ủy Sơn La, các trang Fanpage của “Bút Chiến” của Trường Sĩ quan Chính trị, lực lượng khác trong toàn quân. Cùng với đó, chủ động nắm chắc tình hình cơ sở, địa bàn, thủ đoạn hoạt động chống phá của các thế lực thù địch, không để bị động bất ngờ. Xây dựng củng cố các tổ chức Đảng trong sạch vững mạnh, giữ vững trận địa tư tưởng của Đảng trong Quân đội.